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DNA鉴定之商品化的等位基因分型标准物

每种STR试剂盒都提供精确分型的等位基因分型标准物。要特别注意,Promega和AB公司的试剂盒之间有的相同STR遗传标记,但构成等位基因分型标准物中酌等位基因存在差异。如PowerPlex®1.1的D5S818 ladder从7-!5,而Profiler Plus TM则为7-16。通过分型标准物,实验室在对未知样本分型时会更加自信。在D5 S818中定义等位基因16时,使用ABI的试剂盒比Promega更可靠,因为ABI的ladder中有等位基因16。表5-4列出了丽个试剂盒的情况和比对。

新近的试剂盒在等位基因ladder中包含大量的等位基因。如IdentifilerTM包含205个等位基因。而PowerPlex® 16的ladder中有209个等位基因。将如此大量的等位基因放在一起并大量生产是很令人钦佩的技术。 AB公司2001年推出的AmpFlSTR®IdentifilerTM试剂盒使用了两项新技术。第一项,也是最显著的一项,他们使用了5色荧光检测系统,其中4色荧光(6FAMTM,EICTM,NEDTM ,PETTM)标记PCR产物,另一种颜色用于内标的检测,以校正PCR产物片段的电泳迁移。而传统的AmpFISTR或PowerPlex试剂则使用三色荧光标记 (5FAM 、JOE、NED或FL、JIE、TMR) PCR产物。因此,用五色系统中的第五种颜色LIZTM和4色系统中的第四色ROX或CXR标记是用于内标标记。五色荧光的使用有效地在复合体系中加入了小片段PCR产物,新的产物被放置在新的荧光信道上,这样就不用去调整以前3色泳道上扩增产物长度。 第二项技术是在试剂盒中引入非核苷酸连接物修正迁移率( ABI,2001)。这一迁移修正物是由6-乙烯氧化物( hexaethyleneoxide,HEO)组成,每一个HEO单位相当于2.5个核苷酸( Grossman et al.,1994)。非核苷酸连接物合成在PCR引物的5,端,使产物在末端包含这些额外的分子。这样就可以使不同基因座的两个相距很近的产物片段的位置相对移动,从而防止片段重叠。 最初引入迁移修饰物的原因是,在扩增STR基因座时,可继续使用原设计引物和优化的不同颜色信道内的基因座。如,D7S820初CSFIPO,在COfiler试剂盒中标记两种不同的荧光,因此不相互干扰。而在Identifiler试剂盒中它们标记同一种颜色(如6FAM),等位基因产物有13bp的重叠。为防止片段范围重叠,要么调整引物结合位置,要么使用迁移修正物改变产物分子的长度,使其更长。在IdentifilerTM试剂盒中,通过在CSFIPO等位基因引物5′末端加入10个HEO非核苷酸连接物,使其长度增加了约25个bp。非核苷酸连接物还用在IdentifilerTM试剂盒中其他四个基因座上:D2S1338、D13S317、D16S539、TPOX。 Promega公司在PowerPlex的不同版本中改变了引物序列( Masibay et a1.,2000;Butier etal.,2001;Krenke et al.,2002)。例如,在PowerPlex®1.1和PowerPlex®16间,调整了CSFIPO引物位置,两个试剂盒的产物相差30bp。引物的改变和后续产物的变化使得CSFIPO和D16 S539可在PowerPlex®16中使用一色荧光。我们注意到,如果保留原始的CSFIPO驯物,那么在D16S539的等位基因15( 304bp)和CSFIPO等位基因6(29l bp)间会有13个碱基的重叠,不改变产物长度就不能用同一种荧光检测。更多详情:http://www.qinzijianding.cn
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