在固体支持物上电泳时，异质双链DNA (heteroduplex，HTX)构象的变化决走了其电泳迁移不同于纯合双链( homoduplex)。基于这一原理的HTX分析，主要是把野生型和突变型双链扩增产物同时变性并混合复性，通过EB染色显示最终的电泳条带，分析相应序列结构的构象所决定的迁移位置变化，进而判断突变的有无。因为SSCP技术不能检测没有导致迁移变异的突变多态性，HTX分析与SSCP技术的联合使用将会使结果更加可信。同时，HTX方法也避免了同位素的使用。

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