多重单碱基延伸SNP分型技术(multiplex SNaPshot)由美国应用生物公司开发，主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、4种荧光标记的ddNTP、紧挨多态位点5′端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经AB测序仪跑胶后，根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型，根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位点。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。与其他SNP分型技术(RFLP、Taqman、SNPstream)相比，多重单碱基延伸SNP分型技术具有如下优势。①分型准确，其准确度仅亚于直接测序。②多位点同时检测，可以同时检测达12个位点，而RFLP及Taqman -次仅能检测一个。③不受SNP位点多态特性限制，不管该位点是G/C、A/T、G/A、C/T还是插入／缺失多态，都可以放在一个体系中检测。④不受样本量的限制。⑤可以检测出受污染的样本，如果一个样本的分型峄谱偏离正常的分布，它可以提示该样本可能受到污染或浓度过低，而其他分型方法则不能做到这一点。

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